源自人类思想与情感的神秘能量「e-脉冲」，被成功提取并作为AI辅助装置「辅助蛋」的核心驱动力，推动着人类社会迈向了前所未有的高度繁荣。然而，在这看似辉煌的时代进程背后，恐怖的阴影正悄然降临——那是吞噬「e-脉冲」后疯狂进化的未知生命体：数码兽。
少年天马智郎原本对世事冷眼旁观，却因「辅助蛋」中意外现身的壁虎兽，被无情卷入了危机四伏的非日常世界。为了探寻某个真相，他加入了以赚取赏金为生的「黄金黎明」团队，与神秘的天才清理者泽城响、常因耗尽能量而倒下的先锋咲夜蕾娜，以及负责情报分析的早熟少年久远寺诚等人产生了命运的交集。
在与伙伴们朝夕相处、并肩作战的日子里，原本游离于世外的天马智郎内心逐渐生出羁绊，重新下定了直面残酷命运的决心。当人类的思想化为光与暗的源泉，少年与数码兽共同挥舞出的剑刃，究竟会斩开一个怎样的全新未来？
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