高中生侦探工藤新一在一次追查黑衣犯罪团伙的可疑交易时，不幸被同伙从背后击晕，并被灌下神秘毒药。醒来后，他震惊地发现自己的身体竟缩小回了孩童模样！为了防止黑衣组织察觉自己还活着而危及身边的人，新一在阿笠博士的帮助下隐瞒身份。博士不仅为他量身打造了诸多间谍道具，更为他提供了一个安全的避风港。某日，青梅竹马的女友毛利兰来到阿笠博士家寻找新一的下落。情急之下，缩小的新一化名为江户川柯南，随后顺理成章地寄宿在了小兰家中。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，柯南便籍由跟随他四出办案的契机，暗中追查黑衣组织的下落，期盼有朝一日能获得恢复原状的解药。在小学期间，柯南结识了步美等同龄人，他们共同组建了朝气蓬勃的少年侦探团。尽管外表看似小孩，智慧却异于常人，小小侦探江户川柯南向罪恶宣战的精彩日常，就此拉开序幕！
展开
